W połowie lat 80. Ferrari wypuściło wiele znakomitych modeli. W 1984 pojawiły się takie perełki jak Ferrari 288 GTO, wyposażone w dwie turbosprężarki i rozwijające moc 400 KM, oraz Ferrari Testarossa, dysponująca silnikiem V12 o mocy 390 KM. Testarossa szybko stała się ikoną stylu lat 80., zyskując popularność m.in. dzięki serialowi „Policjanci z Miami”. Jednak w Formule 1 Ferrari, mimo postępów w aerodynamice i osiąganiu prędkości 342 km/h, nie udało się pokonać zespołu McLaren-Porsche, którego kierowca Alain Prost zdobył tytuł mistrza świata.
W 1987 roku Ferrari dokonało przełomowej zmiany w konstrukcji swoich bolidów Formuły 1, zrywając z wieloletnią tradycją serii 312. Do zbudowania nowego modelu F1-87 zespół wynajął znanego projektanta, Johna Barnarda. Nowy bolid okazał się szybki, ale borykał się z problemami niezawodności. W trakcie sezonu Gerhard Berger wygrał dwa wyścigi, jednak to wystarczyło jedynie na piąte miejsce w klasyfikacji kierowców.
Rok 1987 był także szczególnym rokiem dla Ferrari, ponieważ obchodzono 40. rocznicę powstania pierwszego samochodu tej marki. Z tej okazji Ferrari wypuściło ekstremalny model F40, który stał się ikoną motoryzacji. Samochód ten, wyposażony w ośmiocylindrowy silnik z podwójnym turbodoładowaniem, o mocy 478 KM, osiągał prędkość maksymalną 324 km/h. Jego zaawansowana aerodynamika, w tym charakterystyczne tylne skrzydło, i innowacyjne rozwiązania mechaniczne uczyniły go jednym z najważniejszych modeli w historii marki Ferrari.
W 1988 roku, Ferrari doznało wielkiej straty – 14 sierpnia zmarł założyciel marki, Enzo Ferrari, w wieku 90 lat. Pomimo żałoby, zespół Scuderia Ferrari odniósł sukces podczas Grand Prix Włoch, co było znaczącym zwycięstwem w tym trudnym czasie. Dwaj kierowcy zespołu, Gerhard Berger i Michele Alboreto, zajęli odpowiednio trzecie i piąte miejsce w klasyfikacji indywidualnej Mistrzostw Świata Kierowców FIA.
W 1989 roku Ferrari zaprezentowało nowy bolid, F1-89, który wprowadzał rewolucyjne rozwiązania. Nowy model był wyposażony w dwunastocylindrowy silnik V12 z pięcioma zaworami na cylinder, generujący moc w przedziale od 600 do 650 KM. Najważniejszą innowacją była jednak siedmiobiegowa sekwencyjna skrzynia biegów obsługiwana za pomocą łopatek przy kierownicy – po raz pierwszy w historii Formuły 1. Ta technologia z czasem trafiła także do samochodów GT.
Nowy kierowca Ferrari, Nigel Mansell, rozpoczął sezon znakomicie, wygrywając Grand Prix Brazylii i Grand Prix Węgier, jednak później wyniki były mniej imponujące, a sezon zakończył na czwartej pozycji w klasyfikacji indywidualnej. W tym samym roku Ferrari wprowadziło również nowy model 348 TB/TS o mocy 300 KM, a na salonie samochodowym w Genewie zadebiutował futurystyczny model koncepcyjny Mythos autorstwa Pininfariny.
Rok 1990 w Formule 1 był czasem ostrego konfliktu między Alanem Prostem (Ferrari) a Ayrtonem Senną (McLaren-Honda). Ich rywalizacja doprowadziła do kolizji podczas Grand Prix Japonii na torze Suzuka, co pozbawiło Prosta szans na zdobycie tytułu, który ostatecznie przypadł Brazylijczykowi. To zdarzenie miało charakter kontrowersyjny i eskalowało wcześniejsze napięcia między dwoma kierowcami.
W kolejnym sezonie, 1991, Senna ponownie zdobył tytuł mistrza świata, a Prost, który opuścił Ferrari, przeszedł do zespołu Williams-Renault. Prost opuścił Ferrari po tym, jak został zwolniony za publiczne krytykowanie zespołu i jego podejścia do konstrukcji bolidu.
W tym samym czasie Ferrari rozwijało swoje samochody sportowe. Testarossa osiągnęła swoją maksymalną moc na poziomie 428 KM, co było imponujące, biorąc pod uwagę zastosowanie katalizatora. Również w 1992 roku pojawił się odświeżony model Ferrari 456, wyposażony w 12-cylindrowy silnik umieszczony z przodu oraz regulowane zawieszenie, pozwalające na osiągnięcie prędkości ponad 300 km/h.
W 1995 roku Ferrari oficjalnie zakończyło wyścigową karierę swojego dwunastocylindrowego silnika, a jedyne zwycięstwo dla zespołu w tym sezonie zdobył Jean Alesi podczas Grand Prix Kanady w Montrealu. To wydarzenie było symbolem zamknięcia pewnej epoki w wyścigach dla Ferrari.
Ferrari uczciło ten moment wprowadzając na rynek model F50 Berlinetta, supersamochód, który nawiązywał do technologii Formuły 1, zbudowany z okazji zbliżającego się półwiecza marki. F50 był napędzany przez V12 o pojemności 4,7 litra, osiągał 520 koni mechanicznych i mógł rozpędzić się do 325 km/h. Wyprodukowany w limitowanej serii 349 egzemplarzy, F50 stał się obiektem pożądania kolekcjonerów na całym świecie.
W tym samym czasie Ferrari rozwijało również swój „mniejszy” model F355, który został przerobiony na pełnoprawnego spidera z elektrycznie otwieranym dachem.
Przełomowym momentem w historii Scuderii Ferrari był 1996 rok, kiedy do zespołu dołączył dwukrotny mistrz świata Michael Schumacher. Jego kontrakt, wart 40 miliardów lirów rocznie, wzbudzał kontrowersje, ale Schumacher szybko udowodnił swoją wartość, zdobywając dla Ferrari kolejne pięć tytułów mistrza świata i bijąc rekordy w Formule 1.
Ferrari 550 Maranello, również wprowadzony w 1996 roku, był powrotem do klasycznej konstrukcji Ferrari, z V12 umieszczonym z przodu i napędem na tylne koła. Silnik o mocy 485 KM zapewniał doskonałe osiągi i wyjątkowe właściwości jezdne, podkreślając tradycję i innowacyjność marki.
W 1997 roku Ferrari zaprezentowało model F355 F1, który wprowadził technologię znaną z Formuły 1 do samochodów cywilnych. Model ten wyposażono w system zmiany biegów z łopatkami na kierownicy, co było innowacją inspirowaną wyścigami. Oprogramowanie przekładni zapożyczone z F1 pozwalało na szybsze i bardziej precyzyjne zmiany biegów, co przyciągnęło entuzjastów nowoczesnych technologii motoryzacyjnych.
W tym samym roku na torach Formuły 1 zadebiutował Mika Häkkinen, fiński kierowca, który ścigał się dla zespołu McLaren-Mercedes. Już dwa lata później, w 1999 roku, zdołał pokonać Michaela Schumachera i zdobyć tytuł mistrza świata, co zakończyło dominację Ferrari na pewien czas.
Jednak w 1999 roku Ferrari również odniosło sukcesy na innych polach, wprowadzając model 360 Modena – aluminiowy samochód sportowy napędzany przez 400-konny silnik V8, który stał się ikoną na drogach i torach. 360 Modena wyróżniał się innowacyjnym nadwoziem z aluminium, co zapewniało lepsze osiągi i zwinność. Rok później, Ferrari zdominowało Formułę 1 dzięki zaawansowanemu bolidowi, wyposażonemu w mocniejszy, lżejszy i węższy silnik o mocy dochodzącej do 770 koni mechanicznych.
W 1999 roku pojawiły się również dwa niezwykłe modele spiderów – Ferrari 360 oraz limitowana edycja 500 Barchetta, której wyprodukowano tylko 448 egzemplarzy.